Buenas
Te pongo un ejemplo de como usar el confirm, en mi caso es un boton que 
esta dentro de un datagrid, y al hacer el BounData le añador el script al 
boton

string Script = " return window.confirm('¿Quiere borrar la 
programación?');";
((ImageButton)e.Item.FindControl("Button4")).Attributes.Add
("onclick",Script);

Despues en el item command si han pulsado la opcion de aceptar ejecuta el 
codigo si ha sido el de cancelar no hace nada.

Espero que sirva. Un saludo